Échappé du 30ème siècle, où on le retenait sous bonne garde pour sa dangerosité redoutable, un être appelé le Time Trapper s'est servi de ses pouvoirs sur le Temps pour altérer le cours des événements. Vous vivez dans la version de l'Histoire qu'il a créée artificiellement, et dans laquelle il prévoit de se venger de ses ennemis. Pour se faire, il compte bien user des ressources d'alliés de circonstance : l'Injustice League du 21ème siècle. Face à cet adversaire inédit dont ils ne savent rien, les justiciers de la Ligue pourront-ils triompher ?